Brønnbåtrutene definerer hvor transport av sjøsatt fisk skal gå /flytting eller slakting av fisk. Prinsippet går ut på at fisk som nylig er satt i sjø skal beskyttes mot smitte fra transportert fisk som passerer. De områdene som er markert med rødt skal derfor kun passeres med lukket eller semilukket transport. Når en har startet å slakte i en sone, og fisken har stått en stund i sjø åpner en gjerne opp for åpen transport gjennom området. Her kan du laste ned en oversikt over brønnbåtruter.

Det er satt spesifikke kriterier som må oppfylles for at fisken skal kunne ventemerdsettes. Disse er basert på PD, ILA, lakselus og ev. alvorlig uavklart sykdom. Målet er å redusere smitterisiko for de ulike agens, og beskytte områder nær slakteriene så lenge der ellers er en god sykdomsstatus eller der er relativt nyutsatt fisk. Når en starter å slakte fra en sone reduseres ofte kravene til ventemerdsetting.